扫平外戚势力之后，汉和帝刘肇终于得以临朝亲政。首先，就对这次平叛事件的诸多臣属论功行赏。特别是郑众和刘庆，通过此次事件，甚得刘肇的信任。刘肇向刘庆赏赐了大量钱粮，恩宠之深厚，一时没有第二个皇亲国戚可以与之相提并论。而郑众则是刘肇赏赐最为丰厚的另一个人。郑众前半生多郁郁不得志，经过这次平叛，助皇帝夺回大权，自然能够平步青云。于是，郑众被任命为大长秋。大长秋一职，乍看之下名不见经传，细细思量，才知道这一官职是则是皇帝近侍官首领，非皇帝亲信不得充任，主要负责宣达旨意，管理宫中事务。
刚开始之时，皇帝刘肇还对宦官掌权有所顾忌，历朝以来，宦官掌权，江山必乱。因此，并没有给予郑众参与军政大事的权力。郑众也对自己的处境很了解，因此，每次皇帝赏赐，他都推脱不要。其仁爱谦逊的态度便逐渐受到皇帝刘肇的喜爱和尊重，进而在遇到国家大事难以解决，而朝中重臣相继死去的情况下，诏令郑众与之商议。至此，宦官之权柄得以扩大，并渗透到国家的大政方针之中。
恰如史书所言：“宦官用权自此始矣！”
在封赏功臣的同时，刘肇也开始大力革新国家政策，逐渐实践着自己的政治抱负。永元四年（公元92年）十二月壬辰，刘肇刚一上任就颁布诏令减土地税。后来，他又多次下诏，劝农权耕。
透过这一举动，刘肇勤政爱民的形象便被人民广为传诵。但是，皇帝刘肇毕竟个人精力有限。自己所依靠的几个重臣相继过世，永元五年（公元93年）春正月，千乘王刘伉死去；永元五年正月，广宗王刘万岁死去；二月甲寅日，太傅邓彪死去；永元五年十月，太尉尹睦死去。
此前的永元四年（公元92年），司徒袁安、司空任隗二位国之栋梁也相继去世，此后不久，司徒丁鸿、城阳王刘淑、乐成王刘党、陈敬王刘羡等人也相继西去。一时之间，朝堂可用之人变得越来越少。为了解决这一问题，永元五年三月，刘肇特别颁布了一纸诏令，责令选贤任能。
可以看出，和帝刘肇实在不失为一个年轻有为的英明圣主。他在平定窦氏乱朝之后，积极支持班超在西域的斗争，不久，班超大破焉耆，西域降附者五十余国。同时派遣著名将领乌桓校尉任尚领兵东北，大破南单于，收复辽东。
在他在小的时候，便深谙为政之要，对于百姓怀有一颗怜悯之心。时常下诏赈灾救难、减免赋税、安置流民、勿违农时，同时，和其父亲刘炟一样，以宽和的态度对待犯罪。即使
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